Grupo A
Equipos | PJ | G | E | D | GA | GP | GL | GV | Dif. | Pts. |
| Marathón | 6 | 4 | 1 | 1 | 12 | 5 | 6 | 6 | +7 | 13 |
| Cruz Azul | 6 | 3 | 1 | 2 | 8 | 4 | 7 | 1 | +4 | 10 |
| Saprissa | 6 | 3 | 1 | 2 | 7 | 9 | 5 | 2 | -2 | 10 |
| D.C. United | 6 | 0 | 1 | 5 | 4 | 13 | 2 | 2 | -9 | 1 |
Grupo B
Equipo | PJ | G | E | D | GA | GP | GL | GV | Dif. | Pts. |
| Pumas | 6 | 3 | 3 | 0 | 18 | 7 | 13 | 5 | +11 | 12 |
| Houston Dynamo | 6 | 2 | 3 | 1 | 9 | 9 | 4 | 5 | 0 | 9 |
| Luis Ángel Firpo | 6 | 2 | 2 | 2 | 6 | 8 | 3 | 3 | -2 | 8 |
| San Francisco | 6 | 0 | 2 | 4 | 4 | 13 | 3 | 1 | -9 | 2 |
Grupo C
Equipo | PJ | G | E | D | GA | GP | GL | GV | Dif. | Pts. |
| Atlante | 6 | 3 | 2 | 1 | 6 | 3 | 3 | 3 | +3 | 11 |
| Montreal Impact | 6 | 3 | 2 | 1 | 10 | 5 | 3 | 7 | +5 | 11 |
| Olimpia | 6 | 2 | 2 | 3 | 10 | 6 | 6 | 4 | +4 | 8 |
| Joe Public | 6 | 1 | 0 | 5 | 3 | 15 | 2 | 1 | -12 | 3 |
Grupo D
Equipo | PJ | G | E | D | GA | GP | GL | GV | Dif. | Pts. |
| Santos Laguna | 6 | 3 | 1 | 2 | 14 | 11 | 9 | 5 | +3 | 10 |
| Puerto Rico Islanders | 6 | 2 | 2 | 2 | 9 | 10 | 5 | 4 | -1 | 8 |
| Tauro FC | 6 | 2 | 2 | 2 | 9 | 10 | 7 | 2 | -1 | 8 |
| Municipal | 6 | 1 | 3 | 2 | 12 | 13 | 8 | 4 | -1 | 6 |
Clave: PJ=Partidos Jugados; G=Ganados; E=Empates; D=Derrotas; GA=Goles Anotados; GP=Goles Permitidos; GL=Goles de Local; GV=Goles de Visita; Dif.=Diferencia de Goles; Pts.=Puntos
- Los equipos que clasifiquen primero y segundo en cada grupo avanzarán a la siguiente fase de la Liga de Campeones de la CONCACAF.
- Luego, se realizará un sorteo para determinar los emparejamientos en cuartos de final, en partidos de ida y vuelta a disputarse en febrero del 2009.
- Los cuatro equipos que pasan la ronda de cuartos de final formarán dos llaves de dos equipos cada uno para disputar partidos de ida y vuelta en marzo y abril del 2009. Los ganadores de semifinales jugarán entre sí partidos de ida y vuelta a fines de abril del 2009.
- El Campeón de la Liga de Campeones representará a la CONCACAF en la Copa Mundial de Clubes de la FIFA 2009 .
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